2 sue galee, come altre navi, sono costrette a rifugiarsi a La Valletta a causa della presenza in tali acque di 12 galee di Alì Rostan, di 6 vascelli del Sampson e di 4 galeotte e di 3 tartane del corsaro turco Mohammed Escabrig. Dal porto esce per dare la caccia ai corsari una formazione, che vede al centro un galeone ed una nave fiamminga; sull'ala destra 6 galee del granducato di Toscana; sull' ala sinistra 2 galee di Sicilia, le 2 del Doria e 3 dell'ordine gerosolomitano. I corsari turchi e barbareschi adottano l'usuale schieramento a mezzaluna. Il bombardamento reciproco dura più di quattro ore. 3 galee turche si avventano contro una del Doria, che si salva per il soccorso prestatole da 3 galee toscane: le 3 di Malta si avventano su una galeotta dell'Escabrig. I cavalieri, prima di conquistarla, ne tentano l'abbordaggio due volte. La nave fiamminga viene circondata dagli avversari; il suo equipaggio, per sfuggire alla sua sorte, tenta una manovra disperata. Alza il segnala della resa e, con l'aiuto di 12 cavalieri di Malta che vi si sono nascosti in precedenza, fa strage dei turchi che sono discesi sulla tolda. Nel frattempo vengono in rinforzo a tali uomini le altre 3 galee toscane e 2 di Malta. Da ultimo, le 2 galee di Sicilia e la seconda del Doria sostengono una dura lotta con le navi del Sampson. Vengono catturate al termine dello scontro una nave tonda del Sampson, una galeotta e 2 tartane dell'Escabrig. Le galee di Alì Rostan riescono a dari alla fuga, come 2 tartane e 3 galeotte dell'Escabrig ed i vascelli del Sampson. Nel combattimento restano uccisi più di 300 turchi; 84 sono le vittime fra i cristiani.

Anno, mese	Stato, in proprio	Avversario	Azioni intraprese ed altri fatti salienti
1590			Il padre Giovanni Andrea lo avvia alla carriera marittima militare.
1591	Duca Savoia	Toscana	Cerca di impadronirsi con la flotta sabauda del forte d’If, che si trova di fronte a Marsiglia (Marseille). Viene respinto dalla squadra toscana condotta da Francesco da Montauto.
1593			Ha il comando con il padre di 2 galee prese a noleggio.
1594
Dicembre			E’ inviato dal padre Giovanni Andrea a Madrid al fine di ottenere dalla corte la conferma di vari privilegi, già concessi alla sua famiglia.
1595			A Genova abita nel palazzo Doria, attuale sede del comune della città. Il padre trasferisce a suo favore il contratto di noleggio di 3 galee. Il re di Spagna gli riconosce 18000 ducati l'anno per ciascuna nave, somma da pagarsi in rate bimestrali. In caso di mancato pagamento gli sarà corrisposto un tasso di interesse del 14%.
1596	Spagna	Francia	Alla testa di una squadra spagnola di 10 galee, cattura nelle acque di Marsiglia 2 vascelli francesi; ne conduce uno a Loano e l’altro nel porto di Genova. Il re Enrico IV protesta con la repubblica, in quanto non è in guerra con i genovesi. Il Doria ritorna sotto Marsiglia per fare ribellare la città: il duca di Guisa lo obbliga a ritirarsi.
1599
Febbraio			Il padre lo spedisce a Novi Ligure per risolvere dei problemi di precedenza dal significato politico, in occasione del passaggio in tale località, prima di giungere a Genova, della regina di Spagna Margherita d’Austria, dell’arciduca d’Austria e del governatore di Milano. Conduce la flotta che scorta il corteo reale da Genova in Spagna.
1601	Spagna	Algeri	Dispone di 16 galee nella spedizione contro Algeri.
1606
………….			Muore il padre Giovanni Andrea ed a lui spetta il comando delle sue galee.
Giugno			Si trova a Messina con le sue navi.
Luglio			Gli è conferito dal re Filippo III l’ordine del Toson d’Oro; gode, inoltre, come i fratelli, di una provvigione annua di 2000 scudi.
Settembre	Spagna	Impero ottomano	A Messina con la flotta cristiana. Ha ai suoi ordini 7 galee.
1609			Riceve da Filippo III l’incarico di trasportare 120000 moriscos dalla Spagna in Africa. Gli è concesso il principato di Avella.
1611	Spagna	Corsari barbareschi	Prende parte all’impresa di Cherchen (Kerkenna).
1613
Giugno			Il duca di Savoia Carlo Emanuele viene invitato ad inviare due suoi figli in Spagna: il Doria si presenta a Villafranca (Villefranche), nel nizzardo, per prelevarli. Lascia all’improvviso il porto senza espletare tale incarico, anticipando in tal modo la sua partenza per la Spagna.
1618			Vende la galea "San Francesco" (appartenente a Marco Centurione) al duca di Lerma, intenzionato ad armare una squadra di 4 galee, con base Denia, per garantire la sicurezza delle coste aragonesi. Il costo complessivo risulta di 60500 lire, di cui la voce riguardante la sola ciurma (composta di 50 schiavi, di 52 forzati e di 94 buonavoglia) rappresenta il 58.8% del totale.
1619
Agosto	Spagna	Corsari barbareschi	Ricopre l’incarico di luogotenente del principe di Savoia Emanuele Filiberto in una spedizione contro Susa (Susah). Durante il trasferimento da Messina alle coste barbaresche, deve lasciare a Malta una sua galea male armata. La spedizione finisce con un insuccesso.
1620
Novembre			Si trova a Roma: presenzia alla cerimonia nel cui corso Alessandro Pallavicini ottiene il comando della flotta pontificia.
1621
Marzo	Genova	Corsari turchi e barbareschi	2 sue galee, come altre navi, sono costrette a rifugiarsi a La Valletta a causa della presenza in tali acque di 12 galee di Alì Rostan, di 6 vascelli del Sampson e di 4 galeotte e di 3 tartane del corsaro turco Mohammed Escabrig. Dal porto esce per dare la caccia ai corsari una formazione, che vede al centro un galeone ed una nave fiamminga; sull'ala destra 6 galee del granducato di Toscana; sull' ala sinistra 2 galee di Sicilia, le 2 del Doria e 3 dell'ordine gerosolomitano. I corsari turchi e barbareschi adottano l'usuale schieramento a mezzaluna. Il bombardamento reciproco dura più di quattro ore. 3 galee turche si avventano contro una del Doria, che si salva per il soccorso prestatole da 3 galee toscane: le 3 di Malta si avventano su una galeotta dell'Escabrig. I cavalieri, prima di conquistarla, ne tentano l'abbordaggio due volte. La nave fiamminga viene circondata dagli avversari; il suo equipaggio, per sfuggire alla sua sorte, tenta una manovra disperata. Alza il segnala della resa e, con l'aiuto di 12 cavalieri di Malta che vi si sono nascosti in precedenza, fa strage dei turchi che sono discesi sulla tolda. Nel frattempo vengono in rinforzo a tali uomini le altre 3 galee toscane e 2 di Malta. Da ultimo, le 2 galee di Sicilia e la seconda del Doria sostengono una dura lotta con le navi del Sampson. Vengono catturate al termine dello scontro una nave tonda del Sampson, una galeotta e 2 tartane dell'Escabrig. Le galee di Alì Rostan riescono a dari alla fuga, come 2 tartane e 3 galeotte dell'Escabrig ed i vascelli del Sampson. Nel combattimento restano uccisi più di 300 turchi; 84 sono le vittime fra i cristiani.
1623	Spagna	Corsari barbareschi	A Messina. In un primo tempo viaggia con le sue galee verso il Levante nell’avanguardia condotta dal marchese di Santa Cruz. Durante la navigazione si ripetono le solite querimonie fra genovesi e maltesi riguardanti le questioni di precedenza. Quando si viene a sapere che la flotta ottomana si è ritirata oltre i Dardanelli (Canakkale Bogazi), il capitano generale della flotta cristiana, il principe Emanuele Filiberto, divide la sua armata in tre squadre: nella prima vi sono 5 galee toscane agli ordini di Giampaolo del Monte e 3 pontificie sotto la guida di Obizzo Guidotti, che hanno il compito di sorvegliare il mare Tirreno; nella seconda vi sono altre 8 galee tra genovesi e siciliane ed hanno l’obiettivo di scorrere sulle coste africane; la terza, infine, pure di 8 galee (5 maltesi e 3 napoletane) deve controllare le coste della Sardegna. Il Doria, che comanda la seconda, entra nel porto di Tunisi ed infligge gravi perdite alle navi barbaresche.
1624
Maggio			Al comando di 4 vascelli, viene assalito dai corsari tunisini a Pantelleria: 3 navi della sua squadra sono prese dagli avversari. Egli si salva, viceversa, sulla quarta.
1625	Genova	Duca Savoia	E’ utilizzato dalla repubblica di Genova in occasione della guerra di Savoia. Ha il comando della squadra di galee, di cui 2 gli sono cedute dal Centurione. Viene nominato governatore della città ed ha anche il comando delle milizie cittadine. A fine marzo, accoglie in città il cardinale legato Francesco Barberini che è diretto in Spagna. Rafforza i passi di Gavi e di Rossiglione, che il senato cittadino vorrebbe abbandonare per concentrare la difesa intorno al capoluogo. Costringe il duca Carlo Felice di Savoia a rinchiudersi nel castello di Savignone; conserva Savona e riconquista Sassello. Si fortifica nella Pieve e vi è fatto prigioniero dagli avversari.
1626
Marzo			Dopo la pace di Monzon, la repubblica di Genova allestisce una squadra di 12 galee e le affida al suo comando; viene pure scelto come generale supremo di terra e di mare.
Aprile	Genova	Francia	Salpa per la Corsica mentre la flotta francese, incappata in una tempesta, deve cercare riparo a Livorno. Quando sa che in tale porto il duca di Guiisa sta facendo riparare i danni subiti dal fortunale, il Doria si indirizza su Livorno e si ancora al largo. Il Guisa parte per Marsiglia ed è tallonato, a tiro di cannone, dalle sue navi.
1627
Febbraio			Il re Filippo IV sospende all’improvviso il pagamento dei crediti genovesi, che ammontano a circa 9 milioni di scudi. Il Doria viene mobilitato con il suocero, il marchese di Santa Cruz, affinché tale decreto sia abolito. L’editto sarà ritirato più tardi.
1630
………….			Ricopre l’incarico di ambasciatore a Vienna per conto degli spagnoli.
Aprile			Partecipa ad un consiglio di guerra in occasione della guerra di successione del Monferrato.
1631
Gennaio			Ambasciatore straordinario del re di Spagna a Ratisbona.
1634
Maggio			Riceve a Genova il luogotenente della squadra pontificia Giovanni Battista Nari.
………….			E’ nominato grande di Spagna da Filippo IV, generalissimo delle squadre spagnole in Italia e presidente del consiglio d’Italia.
1647
Aprile			A Napoli, quando la città si ribella agli spagnoli. Affianca don Giovanni d’Austria; lascia il capoluogo per soccorrere Castellamare di Stabia. Si scontra con la flotta francese comandata dal duca di Richelieu; è costretto a ritirarsi nella capitale con la perdita di 700 uomini.
1648
Aprile			E’ catturato in Napoli dalle forze popolari. Liberato, si adopera nel successivo processo di pacificazione interna.
Maggio			Viene aggregato alla nobiltà napoletana del seggio del Nido.
………….	Spagna	Francia	E’ impiegato nelle spedizioni marittime contro il duca di Guisa e le forze ribelli superstiti.
1650
Gennaio			Muore a Genova.