Lascia Lisbona con 18 vascelli sui quali sono imbarcati 2500 uomini e giunge nel mare dei Caraibi: suo obiettivo è quello di scacciare i pirati olandesi che stanno caricando del sale a Punta de Araya in Venezuela. Il Fajardo sorprende nel porto 8 grossi vascelli di Hoorn e 3 navi dedite al contrabbando della Zelandia comandate da Daniel de Moncheron, un avventuriero con diversi anni di esperienza nelle Antille. 2 navi zelandesi riescono a darsi alla fuga; tutte le altre cadono in potere degli spagnoli. Molti marinai olandesi sono uccisi in combattimento, altri annegano nel tentativo di salvarsi. Altri ancora, infine, guadagnano la costa salvo ad essere acciuffati a terra. I prigionieri sono condannati al remo delle galee; tutti i capitani e gli ufficiali, compreso il de Moucheron, sono, viceversa, impiccati ad Araya. Il giorno seguente anche un piccolo contrabbandiere di Londra viene intercettato davanti a Cunamagotos. A metà mese 3 petacchi, dei quali si sono impadroniti in precedenza gli uomini del Fajardo nelle Piccole Antille, conducono al loro ammiraglio la nave negriera "La Françoise" con a bordo un centinaio di schiavi neri catturati nei pressi dell'isola di Dominica. Il capitano dell'imbarcazione (Auguste Le Héricy, signore di La Morinière-Pontpierre) riesce a fuggire su una seconda barca condotta da un altro corsaro di Le Havre, anch'egli presente da tempo nei mari delle Antille. I pochi marinai trovati su "La Françoise" vengono tutti impiccati.

Durante il resto della crociera il Fajardo continua a navigare sulle coste del Venezuela e si impossessa di alcune imbarcazioni inglesi. Da ultimo, si dirige verso l'isola di Hispaniola (Santo Domingo).

Informato che nella baia di Manzarillo, a Cuba, vi sono ancorati parecchi pirati di varie nazionalità, vi invia il vice-ammiraglio Alvarez de Avilés con 6 galeoni per farli prigionieri. Costui piomba su 24 navi olandesi, 6 francesi ed una inglese. Nel corso del successivo scontro il vascello ammiraglio olandese, guidato da Abraham De Verne, un veterano del contrabbando , tenta di abbordare un galeone spagnolo: prende fuoco la santabarbara di una delle due imbarcazioni ed entrambe saltano in aria.

Al termine della spedizione, il Fajardo lascia le Antille per fare ritorno in Portogallo.

Ha il comando della flotta cantabrica ed ha il compito di proteggere al largo delle isole Azzorre i convogli provenienti dalle Indie Occidentali. Si prefigge di dare la caccia ai corsari John Ward e Simon de Danser.

E' richiamato a Cartagena per avere il comando di una grande flotta di galee. Ha il compito di trasportare sulle coste barbaresche decine di migliaia di moriscos, costretti ad abbandonare la Spagna.

Anno, mese	Stato, in proprio	Avversario	Azioni intraprese ed altri fatti salienti
1598	Spagna	Inghilterra Paesi Bassi	Ha il comando della flotta delle Indie occidentali contro i corsari inglesi ed olandesi.
1604			E’ nominato capitano generale della flotta oceanica.
1605
Novembre	Spagna	Corsari olandesi, francesi ed inglesi	Lascia Lisbona con 18 vascelli sui quali sono imbarcati 2500 uomini e giunge nel mare dei Caraibi: suo obiettivo è quello di scacciare i pirati olandesi che stanno caricando del sale a Punta de Araya in Venezuela. Il Fajardo sorprende nel porto 8 grossi vascelli di Hoorn e 3 navi dedite al contrabbando della Zelandia comandate da Daniel de Moncheron, un avventuriero con diversi anni di esperienza nelle Antille. 2 navi zelandesi riescono a darsi alla fuga; tutte le altre cadono in potere degli spagnoli. Molti marinai olandesi sono uccisi in combattimento, altri annegano nel tentativo di salvarsi. Altri ancora, infine, guadagnano la costa salvo ad essere acciuffati a terra. I prigionieri sono condannati al remo delle galee; tutti i capitani e gli ufficiali, compreso il de Moucheron, sono, viceversa, impiccati ad Araya. Il giorno seguente anche un piccolo contrabbandiere di Londra viene intercettato davanti a Cunamagotos. A metà mese 3 petacchi, dei quali si sono impadroniti in precedenza gli uomini del Fajardo nelle Piccole Antille, conducono al loro ammiraglio la nave negriera "La Françoise" con a bordo un centinaio di schiavi neri catturati nei pressi dell'isola di Dominica. Il capitano dell'imbarcazione (Auguste Le Héricy, signore di La Morinière-Pontpierre) riesce a fuggire su una seconda barca condotta da un altro corsaro di Le Havre, anch'egli presente da tempo nei mari delle Antille. I pochi marinai trovati su "La Françoise" vengono tutti impiccati.
................			Durante il resto della crociera il Fajardo continua a navigare sulle coste del Venezuela e si impossessa di alcune imbarcazioni inglesi. Da ultimo, si dirige verso l'isola di Hispaniola (Santo Domingo).
1606
Febbraio			Informato che nella baia di Manzarillo, a Cuba, vi sono ancorati parecchi pirati di varie nazionalità, vi invia il vice-ammiraglio Alvarez de Avilés con 6 galeoni per farli prigionieri. Costui piomba su 24 navi olandesi, 6 francesi ed una inglese. Nel corso del successivo scontro il vascello ammiraglio olandese, guidato da Abraham De Verne, un veterano del contrabbando , tenta di abbordare un galeone spagnolo: prende fuoco la santabarbara di una delle due imbarcazioni ed entrambe saltano in aria.
................			Al termine della spedizione, il Fajardo lascia le Antille per fare ritorno in Portogallo.
................	Spagna	Paesi Bassi	Salpa da Lisbona. Vince gli olandesi di fronte a Capo di San Vincenzo (Cabo de Sao Vicente).
1608	Spagna	Corsari	Ha il comando della flotta cantabrica ed ha il compito di proteggere al largo delle isole Azzorre i convogli provenienti dalle Indie Occidentali. Si prefigge di dare la caccia ai corsari John Ward e Simon de Danser.
1609
Giugno luglio	Spagna	Tunisi	Ha il comando della squadra di vascelli del Portogallo e delle Indie. Antonio de Oquendo, ammiraglio della squadra cantabrica, gli affida il compito di sorvegliare le coste andaluse e di mettersi alla caccia dei corsari barbareschi. Lascia Cadice (Cadiz) ed entra per la prima volta nella storia del Mediterraneo con una squadra di 12 vascelli, fra i quali si segnalano 8 galeoni, una fregata ed una caravella. A Malaga carica a bordo un centinaio di soldati. Punta su Palermo per incontrarvi sir Anthony Sherley, un inglese in esilio in tale città. A metà mese è davanti ad Algeri per congiungersi con Simon de Danser, fuggito nel frattempo da tale città per riparare a Marsiglia (Marseille). Si collega infine sulla costa di La Galite, dopo avergli sparato contro qualche colpo di cannone, con il corsaro francese Beaulieu-Persac, che conduce un vascello di 50 cannoni, ed il corsaro inglese Hunt. Viene concordato un piano per assalire nottetempo il porto di La Goletta. Alla testa della sua squadra di 12 vascelli; entra per primo nella rada il Beaulieu-Persac; il Fajardo lo segue con 5 vascelli utilizzando il passaggio aperto dal corsaro francese. Il resto delle sue navi sfida il fuoco di 530 pezzi di artiglieria, collocati sui bastioni e su un cavaliere a protezione del molo. Vengono lanciati dalle sue scialuppe i fuochi artificiati (specie di primitivi lanciafiamme) contro le navi ferme in rada: vengono così dati alle fiamme 2 vascelli di 750 tonnellate, alcuni superiori alle 500 tonnellate, 16 navi da guerra ed una galea che, nel complesso, dispongono di 435 pezzi di artiglieria (dalle 22 alle 33 navi, secondo le stime del Fajardo). Un duro colpo per i rinnegati George Rais, Mourad Rais, John Ward e Mustafa Rais, che perdono in tal modo le loro imbarcazioni. Nella distruzione sono pure coinvolti alcuni mercantili francesi come il "Comte Maurice" ed il "Faucon de Portugal". Dopo la vittoria sale sul vascello del Beaulieu-Persac per rendere omaggio al valore dimostrato. Il giorno seguente sono recuperati dagli alleati due navi catturate dai barbareschi sulla costa ligure e cariche di merci destinate a Tunisi (una trasporta un carico di spade e rimane agli spagnoli; la seconda che, trasporta frumento, viene lasciata come bottino di guerra al corsaro francese.
................			E' richiamato a Cartagena per avere il comando di una grande flotta di galee. Ha il compito di trasportare sulle coste barbaresche decine di migliaia di moriscos, costretti ad abbandonare la Spagna.
................	Spagna	Impero ottomano	Incrocia con scarso successo sulle coste turche.
1614
Agosto	Spagna	Mamora	Dà la fonda con la sua flotta di 99 navi ( fra le quali si contano 20 navi da guerra, compresi 6 galeoni e 8 galee) e 7000 uomini davanti al porto di Mamora; lo coadiuvano nell’azione 4 vascelli olandesi, comandati da Jan Evertsen, che bloccano anch’essi la località. Nel porto si trovano solamente 6 navi pirata, 4 navi mercantili e 4 vascelli catturati in precedenza dagli stessi pirati.La maggior parte di costoro, infatti, è in mare a caccia di prede e sono state prese dagli abitanti scarse precauzioni per proteggere la base. I pochi rimasti a terra fanno qualche tentativo di prevenire gli spagnoli: il Fajardo riesce a sbarcare un grosso contingente di soldati che incontra poca resistenza. Mamora cade in mano degli spagnoli.
1617			Fa ritorno a Madrid. Cade in povertà e si ammala. Muore in tale città.